Paroki St. Helena berawal dari sebuah stasi dari Paroki St. Monika Serpong, yang ditetapkan pada bulan Mei 1996. Umat stasi St. Helena melalui perjalanan yang panjang dengan berbagai kendala terutama berkaitan dengan tempat ibadah. Kegiatan Stasi Helena berpindah-pindah mulai dari mengontrak rumah umat, dan sebagian menggunakan kapel Ignatius de Loyola. Stasi juga pernah menggunakan Ruko di daerah Permata, di RS. Siloam dan di UPH. Pada akhirnya Panitia Pembangunan Gereja berhasil menemukan tanah di Villa Permata Jl. Permata Kasih VI Blok C-12 No.1 yang kemudian dibangun menjadi pusat stasi.

Dengan dikeluarkannya ijin prinsip pembangunan, maka dibangunlah bedeng semi permanen yang digunakan sebagai tempat Misa dan kegiatan stasi lainnya. Lokasi yang strategis ini mudah dicapai dengan kendaraan umum dan pribadi sehingga kegiatan menggereja dan sosialisasi umat jauh lebih hidup.

Pada 25 Oktober 2003 dilantik Panitia Pembangunan Gereja secara resmi, dan berbagai kegiatan penggalangan dana terus dilakukan. Mulai dari koor yang menjual suara emas mereka ke paroki-paroki lain, penjualan kupon berhadiah, dan lain sebagainya menghasilkan dana yang tidak sedikit yang pada akhirnya mampu mendirikan sebuah gedung gereja dengan pastoran yang megah.

Pada hari Minggu, 1 Oktober 2006, Stasi St. Helena dinaikkan statusnya menjadi Paroki oleh Uskup Agung Jakarta, Mg. Julius Kardinal Darmaatmaja, SJ. Batas Paroki yang ditetapkan dalam SK pendirian Paroki No. 402/3.25.2/2006 adalah sebagai berikut: